Da Michael von Beruf Ingenieur ist und auch selbst schon beim Umbau der Haftanstalt mitgewirkt hat, stellt er einen perfekt geplanten Fluchtplan für den geliebten Bruder auf. Schließlich entschlüsselt Lincoln unter dem Bild eine geheime Botschaft, die auf das jemenitische Gefängnis Ogygia hinweist. Sie findet heraus, dass der Ermordete eine Firma für alternative Energien geleitet hat. . Auf Kreta angekommen, stößt Sara gleich zur Gruppe und kann Michael wieder auf die Beine bringen. Whip Augustus Prew begibt sich derweil auf eine separate Mission, während T-Bag Robert Knepper ein Geheimnis über sich enthüllt.
Können Veronica und Michael Lincoln vor der Hinrichtung retten, bevor die Strafe vollstreckt wird? Lincoln und C-Note gelingt es, trotz schwerer Gefechte, die Tochter des Chefs der E-Werks und weitere Mädchen zu befreien und auf die sichere Seite der Stadt zu bringen. Mit stichhaltigen beweisen wie einem überwachungsvideo und seinen Fingerabdrücken auf der Tatwaffe, er ist verurteilt wegen Mord ersten Grades zum Tode, obwohl er ständig behauptet seine Unschuld. Außerdem hat Lincoln Dominic Purcell einen Wettlauf gegen die Zeit, als er versucht ihnen beim Ausbruch zu helfen und T-Bag Robert Knepper trifft sich mit Kellerman Paul Adelstein , um mehr Informationen. Als Lincolns Ex-Freundin ist sie ebenso wie Michael von dessen Unschuld überzeugt. Michael fühlt sich gezwungen seine Mitinhaftierten in die geheimen Fluchtpläne einzuweihen.
Er steht unter Anklage den Bruder der Vizepräsidentin der Vereinigten Staaten ermordet zu haben. Aufgrund der Komplexität der Sie auf seinen gesamten Oberkörper tätowieren, versteckt in einer Vielzahl von Motiven. Er wird von einem mysteriösen Pärchen verfolgt und von diesen in einen fast tödlichen Unfall verwickelt. Michael und Link machen sich auf die Suche nach Sara und Mike. Die Flucht gelingt und die beiden werden schnell zu den meistgesuchten Verbrechern des Landes und werden sogar bis über die amerikanischen Grenzen gejagt.
Sara Tancredi Antje von der Ahe Theodore 'T-Bag' Bagwell Bernd Vollbrecht Paul Kellerman Oliver Siebeck Michael Scofield Gerrit Schmidt-Foß Amaury Nolasco Fernando Sucre Karlo Hackenberger Benjamin Miles 'C-Note' Franklin Tobias Kluckert Lincoln Burrows Viktor Neumann. Als ihm seine Habseligkeiten ausgehändigt werden, befindet sich dabei auch ein jüngst versendeter Umschlag. Sara Sarah Wayne Callies hadert unterdessen mit der Idee, dass Michael am Leben sein könnte. Michael der als Ingenieur während des Umbaus des Gefängnisses dort tätig gewesen ist, weiß sehr genau Bescheid wie dieses aufgebaut ist. Nun ist es Lincoln, der seinem Bruder aus de Gefängnis befreien muss. Dort halten C-Note und Sheba eine alte Maschine samt Pilot bereit.
Michael und seine drei Mitstreiter können sich nach dem Sprung von einem explodierenden Schiff auf ein französisches Fischerboot retten, das Richtung Marseille fährt. Nachdem Lincoln die Neuigkeit Sara Sarah Wayne Callies überbringt, macht er. Denn der Umschlag enthält ein Bild von dem für tot gehaltenen Michael Scofield Wentworth Miller und kryptische Hinweise darauf, wo Michael sein könnte. Sara und ihr Sohn Mike kommen mit dem Schrecken davon, da die alarmierte Polizei die Eindringlinge vertreibt. Dabei assistieren ihm der Ex-Mafiaboss John Abruzzi und andere Insassen mit ihrem Know How.
Damit er bei der Flucht mithelfen kann, begeht Michael einen chaotischen Banküberfall, für den er verurteilt wird und im selben Gefängnis wie sein Bruder landet, um seine Haftstrafe abzusitzen. Lincoln Dominic Purcell versucht derweil, seinen konfiszierten Reisepass wiederzubekommen, um aus dem Jemen zu entkommen. Sara wird immer noch von dem mysteriösen Pärchen verfolgt. In den bisher 90 Folgen können wir das Leben von Michael Scofield und dessen Bruder Licoln Burrows verfolgen. Da Scofield arbeitete als Bauingenieur am Umbau des Gefängnisses, er kann den Zugang zu den Plänen. Schon bald steht auch Veronicas Leben in Gefahr, denn zwei Geheimagenten sind ihr dicht auf den Fersen. Ein kleines Schiff soll die die Gruppe nach Griechenland schmuggeln, doch ein verschwiegener Arzt dürfte, aufgrund der weltweiten Fahndung, schwer zu finden sein.
Ihm wurde zur Last gelegt den Bruder der Vize-Präsidentin der Vereinigten Staaten ermordet zu haben. Dort fand for einem Jahr ein Aufstand der Häftlinge statt, seitdem sind die Häftlinge sich selbst überlassen, die Zellen offen. Alle fragen sich, ob es tatsächlich möglich sein kann, dass Michael noch lebt. Letztendlich liegt es alleine in ihrer Macht, einen riesen Konzern Krimineller sowie der Regierung zu zerstören. Auch der älteste Häftling und ehemalige Flugzeugentführer Charles Westmoreland wird Teil des Teams. Lincoln geht der Sache nach und merkt schnell, dass mehr dahintersteckt. Lincoln und C-Note erhalten eine Nachricht in Form des vertrauten Origami-Schwans.
Sein Bruder Michael Scofield ist fest von seiner dessen Unschuld überzeugt und begeht einen Raubüberfall, um in das Gleiche Gefängnis, wie sein Bruder zu kommen. Das Ganze entwickelt sich zu einem gefährlichen Katz und Maus Spiel, wo auch alle Freunde der beiden drin verwickelt werden. Tatsächlich gelingt den beiden auch die Flucht aus Fox River, gelten aber jedoch ab sofort als meist gesuchteste Verbrecher, wodurch sie nirgendwo unerkannt bleiben. Darin ein Bild von Michael Scofield in einem vermutlich arabischen Gefängnis und ein kurzer Text. Lincoln Burrows ist zum Tode verurteilt, da er den Bruder des amerikanischen Vizepräsidenten ermordet haben soll. Michael ist Statiker und war selbst am Umbau des Gefängnisses beteiligt, wodurch er ausreichend Kenntnisse über die Anlage hat. Jetzt Prison Break statt auf kinox.
Doch die Zeit drängt, denn der Bürgerkrieg rückt näher und näher. Unterwegs halten sie an einer Tankstelle. Er kann und will Jacobs Plan nicht länger mittragen. Nun muss also Licoln seinen Bruder befreien und ein Kampf gegen die Regierung und eine kriminelle Organisation beginnt. Abu Ramal wird vom Volk betrauert, seine Mörder stehen auf der Todesliste. Nachdem alle rechtlichen Möglichkeiten ausgeschöpft sind, beschließt Michael den Versuch zu unternehmen, Lincoln zur Flucht aus dem Gefängnis zu verhelfen.